《穿越魔皇武尊》讲述了普通现代人陈飞穿越到了一个截然不同的武侠世界中，开始了他的新生活。这个世界里，拳脚武功、魔法咒术、功法秘籍等等都是这个世界里最重要的事情之一。而陈飞有一个特殊的身份，他成了一位儒家传承的弟子，拥有了人性至善的天赋。他必须用自己的力量战胜强敌，不断成长。
在这个古老神秘的武侠世界里，陈飞遇到了各种各样的人物，有道家的血煞之派、佛教的修行者、儒家的文化传承者等等，每个人物都有自己的特点。通过与他们的交流，陈飞渐渐地学到了很多武功和魔法的技巧。同时，他也认识了一个美丽的女子，两人在共同的生活中渐渐相互了解、互相帮助，在一次次的危机中，两人的感情也渐渐地升温。最终，他们在千难万险之中携手成功逃脱了重重危机，赢得了彼此的信任和爱情。
